Ein internationales Team leitet die weltweite Kongregation.

In der der Erklärung des Kongregationskapitels von 1997 heißt es: "Wir wollen unsere Leitungsstrukturen auf allen Ebenen überprüfen und Modelle übernehmen, die flexibel und nicht-hierarchisch aufgebaut sind, sowie Raum schaffen für menschliche Beziehungen und partnerschaftlichen Umgang."
Entsprechend diesem Auftrag wurde die Leitungsstruktur des Ordens neu geordnet.

1. Kongregationskapitel
Das Kongregationskapitel stellt die höchste Autorität innerhalb der Kongregation dar und ist zugleich Zeichen der Einheit in Vielfalt. Es findet alle sechs Jahre statt und soll unser Erbe bewahren, indem es Anstöße gibt zur Erneuerung im Geist unseres Charismas.
Fester Bestandteil jedes Kongregationskapitels ist die Wahl der Kongregationsleiterin und ihrer Rätinnen. Mitglieder des Kongregationskapitels sind von Amts wegen die Schwestern der Kongregationsleitung und die Provinzleiterinnen, dazu aus jeder Provinz gewählte Delegierte.

2. Kongregationsleitung
Ständiges Leitungsorgan der Kongregation ist der Kongregationsrat unter Vorsitz der Kongregationsleiterin. Bis zum Jahre 1997 war die Kongregation eingeteilt in sechs Sprachregionen, jede Region war durch eine Rätin ihrer Sprache im Generalrat vertreten. Dann hob das Kongregationskapitel diese Einteilung auf und entschied sich für ein Leitungsteam, das gemeinsam verantwortlich ist für die Animation und Administration der Kongregation.
Die Kongregationsleitung kann somit über geographische, sprachliche und regionale Grenzen hinaus Internationalität verwirklichen und ein Netzwerk kleiner, lebendiger Zellen aufbauen, die durch die Verbindung untereinander unseren Dienst, unsere Sendung und unsere Gemeinschaft formen.
Das Generalat des Ordens befindet sich in Rom.

3. Provinzleitung Die Kongregation der Schwestern vom Guten Hirten ist aufgeteilt in rund 45 Provinzen, die aus der geschichtlichen Entwicklung des Ordens entstanden sind und nicht unbedingt mit Sprach- oder Ländergrenzen identisch sind. Jede Provinz wird von einem Provinzrat unter Vorsitz einer Provinzleiterin geführt. Die Provinzleitung wird in der Regel von den Schwestern einer Provinz direkt gewählt.

4. Hausleitung
Die Einrichtungen und Häuser der Schwestern vom Guten Hirten werden von einer lokalen Hausleitung geführt.